Е.В. Шляхто окончил 1-й Ленинградский медицинский институт им. акад. И.П. Павлова в 1977 году. Постоянный труд и любовь к медицине стали двумя спутниками на пути его научного и клинического становления. В 1983 г. получил звание кандидата медицинских наук, в 1992 г. – доктора медицинских наук, в 1994г. – профессора, в 2004г. – Заслуженного деятеля науки РФ, в 2011 – академика РАМН; является лауреатом Премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники (2009), лауреатом Премии Правительства Санкт-Петербурга и Санкт-Петербургского Научного центра РАН за выдающиеся достижения в области науки и техники в номинации «физиология и медицина» - премия имени И.П. Павлова (2011), лауреатом VI Ежегодной национальной премии «Известность» в номинации «Здоровье» (2011). Награжден Почетной грамотой Правительства Российской Федерации за большой вклад в развитие здравоохранения и многолетнюю плодотворную деятельность (2009).
С 1997 года по настоящее время Евгений Владимирович руководит кафедрой факультетской терапии Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета им. акад. И. П. Павлова.
С 2001 года Е. В. Шляхто возглавляет Северо-Западный федеральный медицинский исследовательский центр, основателем которого был Владимир Андреевич Алмазов. Это одно из ведущих научно-лечебных учреждений страны, осуществляющее фундаментально-прикладные исследования в области кардиологии и сердечно-сосудистой хирургии, гематологии, ревматологии, эндокринологии, педиатрии, молекулярной биологии и генетики, клеточных, информационных и нанотехнологий; оказание специализированной, в том числе высокотехнологичной, медицинской помощи населению; подготовку научных, врачебных кадров в рамках создания современной системы непрерывного последипломного медицинского образования.
Учениками Е. В. Шляхто, под его непосредственным руководством и при научном консультировании, защищено 20 докторских и 56 кандидатских диссертаций.
Результаты многолетних исследований Е. В.Шляхто в области диагностики и лечения сердечно-сосудистых заболеваний обобщены более чем в 700 публикациях, 16 изобретениях и 2 открытиях, ряде монографий и учебников для ВУЗов — «Пограничная артериальная гипертензия» (1992), «Почки и артериальная гипертензия» (1999), «Метаболический сердечно-сосудистый синдром” (1999) «Гипертоническая болезнь» (2001), «Вегетативная нервная система и артериальная гипертензия» (2008), «Ремоделирование сердечно-сосудистой системы при артериальной гипертензии» (2009), «Барорецепторный рефлекс и долговременная регуляция артериального давления» (2011), учебники для ВУЗов — «Болезни органов кровообращения» (1997), «Эндокринология» (2005, 2-е издание — 2007), «Внутренние болезни» (2000, 2008), «Кардиопротекция: фундаментальные и клинические аспекты» (2013).
Новым направлением работы Е. В. Шляхто являются исследования в области нанотехнологий и наноматериалов. Под руководством Е. В. Шляхто в Центре ведутся исследования в области трансляционной медицины: технологий молекулярной диагностики, разработки диагностических средств персонализированной терапии, клеточной и тканевой инженерии для терапевтических целей, создания биосовместимых материалов и тканеинженерных конструкций, организован банк биологических образцов — тканей, клеток и генетического материала. Результаты этих работ отражены в книгах «Нанотехнологии в биологии и медицине» (2009), «Трансляционная медицина» (2010).
Академик Е. В.Шляхто уделяет значительное внимание общественно-научной и организационной работе, направленной на повышение авторитета российской науки: он — Президент Российского кардиологического общества, главный редактор журналов «Российский кардиологический журнал», «Трансляционная медицина», входит в состав редакционных коллегий ряда других российских и зарубежных журналов.