Сергей Сергеевич имеет стаж работы в эндоскопии и онкологии более 13 лет. В 2008 г. защитил диссертацию на соискание степени кандидата медицинских наук, посвящённой эндоскопическим методикам в уточняющей диагностики и лечении больных пищеводом Барретта. Доктор Пирогов неоднократно проходил клинические стажировки зарубежом. В 2011 г. обучался эндосонографии органов желудочно-кишечного тракта в Японии в TokyoMedicalUniversity. В 2014 г. изучал нюансы эндоскопической хирургии раннего рака желудка в Германии в UniversitätsklinikumHamburg-Eppendorf. Сергей Сергеевич ведёт активную научно-исследовательскую деятельность. Является автором 32 научных публикаций, включая 5 глав в монографиях.
Сергей Сергеевич - действительный член многих российских и зарубежных обществ по лечению и диагностики онкологических заболеваний желудочно-кишечного тракта, среди которых Российское Эндоскопическое Общество (РЭндО), Российское общество онкологов, Европейское и Американское общество гастроинтестинальной эндоскопии (ESGE, ASGE) и т.д.