В 1970 г. окончил 2-й Московский медицинский институт им. Н. И. Пирогова. С 1970 по 1975 г. прошел обучение в клинической ординатуре, а затем в аспирантуре на кафедре кожных и венерических болезней 2-го Московского медицинского института. С 1975 по 1987 г. работал ассистентом, а с 1987 по 1988 г. доцентом кафедры кожных и венерических болезней Московского медицинского стоматологического института.
С 1988 г. - заведующий кафедрой кожных и венерических болезней факультета усовершенствования врачей Московского медицинского стоматологического института, а с 1998 г. возглавляет кафедру кожных и венерических болезней Московского медико-стоматологического университета. Одновременно с 1992 г. по 2006 год Юрий Николаевич являлся деканом факультета последипломного образования Московского медицинского стоматологического университета.
В 1976 году Юрий Николаевич защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Некоторые иммуноаллергические показатели у больных поверхностными васкулитами кожи», в 2005 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Комплексная профилактика профессиональных заболеваний кожи (клинико-лабораторное исследование)».
Является автором свыше 270 печатных научных работ, среди которых учебник, руководства для врачей и монографии.
Основные направления научной деятельности Перламутрова Ю.Н.: изучение актуальных проблем дерматовенерологии, патологии слизистой оболочки полости рта, профилактика инфекций, передаваемых половым путем, решение проблем профессиональных дерматозов в современных условиях.
Под руководством Юрия Николаевича защищены 33 кандидатских и подготовлено 3 докторских диссертаций.