Закончил Первый московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (бывш. Первый Московский медицинский институт имени И.М. Сеченова), прошел ординатуру по специальности «Кардиология» на кафедре кардиологии и терапии ЦНИЛ МЦ 4-го ГУ при Министерстве здравоохранения СССР, возглавляемой проф. Б.А. Сидоренко.
В 1997 году под руководством проф. Гогина Е.Е. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Роль синдрома апноэ во сне в течении гипертонической болезни». С 2001г. руководитель центра медицины сна Федерального научно-клинического центра специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА.
Среди направлений научно-клинической деятельности: нарушения дыхания во время сна (синдром обструктивного апноэ/гипопноэ сна; синдром центрального апноэ сна, дыхание Чейн-Стокса), инсомнии, гиперсомнии (нарколепсия, синдром Клейна-Левина), двигательные расстройства во время сна (синдром беспокойных ног, синдром периодических движений нижних конечностей)и др.
Более 100 публикаций.
Член редакционной коллегии научно-практического рецензируемого журнала "Нервно-мышечные болезни" и научно-практического рецензируемого журнала «Функциональная диагностика».
С 2010 года Калинкин А.Л. член Правления Региональной общественной организации «Общество специалистов по нервно-мышечным болезням».
Действительный член Европейского Общества исследователей сна (ESRS) и единственный специалист в России прошедший сертификационный экзамен по сомнологии ESRS.
